在朱元璋建立明朝初期，为了确保国家的安全和统治，他创立了一种军事机构——都司卫所。这些机构最初称为都司或行都卫，后来在洪武八年被更名为指挥使司，并逐渐固定下来。在全国共设有十六个都司、五个行都司以及两个留守司，每一个布政使辖区内都会有一座城市驻扎着这样的机构。
山东、浙江、江西、福建等地的都司分别驻扎在济南府、杭州府、新昌府和福州府；湖广和四川则分设了各自的地界。而陕西和云南地区的两者也各自管理着自己的疆域。此外，大宁卫曾经位于大宁路（今辽宁宁城西），而辽东则驻扎于定辽中卫（今辽阳）。万全夺取了宣府左卫（今河北宣化）的控制权，而奴儿干夺取了特林（今俄罗斯远东）的一片土地。
行都司则设置于边境海岸附近的地方，以辅助本省所有部队并管理一部分地方防御设施。如陕西行夺取甘州县（今甘肃张掖）的控制权，而山西行则占据大同县；福建行夺取建宁县（今南平）的掌控权，而四川行则控制建昌县（今西昌）。
除了这些，都有另外两处特殊存在——留守 司，它们专门负责皇陵区域的防护。洪武十四年时，在安徽凤阳设立了中都留守，使其负责凤阳及八个其他地方防御设施；嘉靖十八年，则在湖广承天府成立兴都是以显陵及其周围二百多户人家为主体进行保护。
总之，这些机构不仅是当时最强大的地方军事力量，也是维护中央集权与稳定的大工具。这一切组织结构由京师五军总督直接管制，并且每一位官员皆需向他们汇报工作。这场制度安排让中央政府能够有效地监视并影响地方势力，同时也有助于维持国家内部秩序。但随着时间推移，屯田制度废弛，以及士兵身份逐渐融入当地社会，使得这项制度失去了原本应有的效用，最终导致它在明朝末年的崩溃。
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