在洪武初年，明太祖朱元璋建立了都司卫所，这是一种军事机构。最初称为都司和行都卫，后于洪武八年改名为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），最终在宣德年间定下来。明朝全国共设有十六个都司、五个行都司以及二留守 司。
每一个布政使领地下都会设置一个，都 司，其长官叫做“备”，与布政使同驻一城。在不同的地区，都 司的治所各不相同，如山东、浙江、江西等省就分别位于济南府、杭州府和南昌府。此外，还有大宁、辽东万全奴儿干等四个特殊的 都 司，它们分别管辖河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南区域、大部分辽宁地区、河北宣化及阳原以北之地，以及俄罗斯远东州至库页岛一带。
除此之外，还存在着“边境海疆”的行 都 司，它们不设在省城内，而是辅助本省的 都 司，管理一些地方性的卫所。这些 行 都 司包括陕西行 都 施治甘州衛、今甘肃张掖；山西行 都 施治大同府；福建行 都 施治建宁府今南平；四川行 都 施治建昌衛今西昌；湖广 行 斯施治郧陽府今湖北郧县。
除了这些军事机构之外，还有一些专门负责皇陵安全的地方性组织，比如安徽凤阳府中的中都不留守 和湖广承天府中的兴都不留守。它们负责保护皇陵，并且由特定的官员来管理。
总而言之，都司和 行 的作用是成为明代地方最高级别的军事组织，不仅要掌管各地的卫所，而且还要直属于京师五军总督。这两类组织对于确保国家安全起到了关键作用，无论是在防御外敌还是维护内部秩序方面都是不可或缺的一环。但随着时间推移，这些系统逐渐变得过时，最终导致了其失去原本应有的效能，使得当时的人民生活水平受到了严重影响。
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