万历三十五年（1607年）进士，授职中书舍人。明光宗即位，他被提拔为吏科给事中，上疏请求收留录用前朝的忠臣。不久陈述刚开始执政时应注意的三项要务，即：一、任用仁爱贤能的人；二、推广皇上的恩惠；三、远离阿谀奉承的人。于是请求留下各地上供的金花银，用来帮助军队建设。其中有很多斥责宦官的话。宦官都憎恨他，因此刺激皇帝生气，贬低他的官级将他调往外地，这时他才做谏官四天。他尚未出京城，明熹宗即位，下诏恢复他的官职。
天启元年（1621年）又提升为礼科左给事中，这时辽阳战事危急。周朝瑞请求在内阁大臣中推选二个通晓军事的人专门负责这事，而用职方郎一人专门管理机要事情，给事中二人专门负责来往的公文，皇帝同意了。他极力驳斥贾继春请求安置李选侍，并跟他来回交锋三四次。
借变进谏，他提出国家大权应归皇帝所有，不应由宦官掌控，还主张亲自处理国家政务。此举引起了一些反对声音，但最终取得了成功。在此之后，他继续发挥影响力，对于大学士沈纮勾结宦官操练部队一案进行了严厉批评，最终导致沈纮失去信誉。
然而，由于与魏忠贤心腹徐大化的冲突和争论，最终导致周朝瑞被陷害入狱，并遭受拷打至死，被赠予大理寺卿，以示其忠诚和毅然面对死亡的情怀。在历史上，与杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、顾大章并称“东林六君子”，他们以清议著称，为维护政治正义而奋斗，最终因抗争阉党而身亡，是中国历史上的一段悲剧故事。
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