《明朝那些事》这部小说被许多读者奉为“史书”，而提到《明史》，他们就会不假思索地说它是清朝篡改的，明朝在其中被描绘得一无是处。然而，当人们意识到该书作者并非真正的学者时，他们会引用权威学者毛佩琦的话来证明一切，仿佛他的话就是金科玉律。然而，这些所谓的权威却常常伴随着错误和谬误。
例如，在《百家讲坛》上，毛佩琦曾说朱元璋通过吏部和督察院来考核官员，这显然是一种错误的历史陈述。此外，一些与朱元璋相关的事实也经常遭受专家的批评，比如他在《细解明朝十七帝》中指出帖木儿国向洪武时期的明朝纳贡，但实际上洪武年号是朱元璋统治期间唯一使用的一种年号，所以帖木儿国怎么可能向尚未建立的大明王朝纳贡？
相比之下，那位历来备受诟病的隋炀帝杨广，其开辟大运河将黄河长江流域两大经济区连接起来，对中华民族最终形成一个不可分割整体起到了至关重要的地位，却往往被人忽视。
毛佩琦教授在演讲中提到的很多史料方面的问题也引起了争议，比如他声称中国在明成祖时期疆域空前广阔，这似乎并不符合历史记载。中国版图从秦汉一直延续至今，每个时代都有其独特扩张阶段，如秦、汉、唐、宋等时代都有过不同的版图扩展，而到了清代，则达到了最大规模。在这些时间点之间，版图大小发生了巨大的变化，从300万平方公里缩小到353万平方公里，再次恢复，并最终达到1300.6万平方公里，是值得我们深入探讨和理解的地方。
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