王小波曾经形容这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，即1587年，或许看似平静无奇，但实际上是中国封建王朝发展的一个重要转折点。历史上的描述往往强调明朝的繁荣却忽略了民生的艰辛，而黄仁宇则认为，民贫之根并不在于国家赋税过重，而在于法律和政府的效能不足。在两千年的中国历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到了极致，他写作《万历十五年》的初衷，也是为了阐述这一观点。
明朝万历时期的一批重臣，如张居正、戚继光、申时行、海瑞，他们都以悲剧收场。即便是当时的皇帝万历自己，在这样一个文官集团体制下，只能选择袖手旁观。这一切反映出一种深刻的体制惯性所带来的悲哀。每个人都有其独特之处，闪耀着希望，也尝试着进行改革，但最终都以失败告终，大多数人甚至遭遇革职或入狱。一群文官为了维护自己的集团利益，使得国家的武备、科技进步和商业发展陷入停滞。而文官与宦官之间的权力斗争，更是加速了大明帝国走向衰败。
从历史角度来看，万历十五年的确是一种平淡无奇的一年，却也埋藏了若干被历史学家忽视的小事件，这些事件虽然看似微不足道，却成为了后续大事发生的心结，也预示着将要引发巨大的变动。这一系列因果关系恰恰揭示了历史的大义所在。通过对几个关键人物的描绘，《万历十五年》展现了一种没落王朝悲剧命运，最终这些帝王将相只能被时间抹去。
尽管对中国以道德代替法律的问题，黄仁宇在《万历十五年》中已经进行了深刻批判——道德并非无懈可击，它无法取代技术，更无法取代法律。他认为，明朝特色就在于依赖意识形态作为统治工具；意识形态渗透到帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了前所未有的水平。
从那一年起，对比西方正在崛起的情景，与东方逐渐衰退的事实变得越来越清晰，那是一个分水岭，一边是兴盛，一边是凋零。
