国本之争的历史影响深远，首先导致了皇权实际上的削弱。明神宗不理朝政，导致内阁和地方官员缺位，对晚明政治造成了严重破坏。他还大力敛财，派出矿监、税监对百姓造成极大苦难，从而激发民变。这次争斗也是形成晚明党争的一个重要因素。由于明神宗对储位的模糊态度，使得官场和地方的人物开始揣测，这引起了社会混乱，并出现了宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的公开与暗中斗争。
此外，明神宗希望掌握绝对权力，同时放任缺职未补，这使得内阁势力受损；长期居住在深宫中的他，让司礼监的地位得以提升；由于他对郑贵妃的宠爱，他的外戚也获得实力的增长，并出现了一种由内监代表郑贵妃主导的情况。
皇帝沉迷于私生活而忽视国家事务，廷臣之间不断攻讦，而政府机构则陷入分裂。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的地位也因此得到加强。而地方上仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体兴起后，有东林书院文人关注时政，最终有东林党之称。万历末年的民变乃至后金崛起，也反映出地方势力的崛起。
在这数十年的斗争中，言官作为重要力量，以集体行动维护正统继承原则稳定统治秩序，与皇权进行制衡，以及弘扬官僚正气等方面发挥了巨大的作用。“国本之争”，决定了万历以后 明朝走向，是晚明三大案诱因之一，在一定程度上促进了党争形成，加速了明朝灭亡，是最具影响的一件事件。在这个主题下，还有众多学者站在臣僚一边，其观点依然站立在万历一朝的大臣旁边。
似乎郑贵妃天生就该安分守己，不应有做皇后的野心；万历皇帝天生就该与王恭妃恩爱，不应真正拥有情感。这类论断，大多来自一种固化保守思想驱使，无疑失去了公平性，将是非渐趋分明的历史蒙上了难以识别的锈迹。
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