国本之争的深远影响：从明神宗的怠政到朝局混乱
国本之争对万历时期产生了极为深远的影响，首先是皇权事实上大幅度下降。明神宗不理朝政，导致内阁和地方官员缺位，这种情况严重破坏了晚明王朝的正常运作。此外，他还大力敛财，派遣矿监和税监，对百姓造成巨大的困扰，最终激发了民变。
其次，国本之争加剧了党争。在这种背景下，一系列政治集团形成，其中包括宣、昆、齐、楚、浙五党以及东林党两大派，他们在暗中斗争。这场斗争以牺牲国家利益为代价，使得晚明政府效率低下，并成为后来的三大案事件之一。
再者，明神宗希望掌握绝对权力，同时放任缺官现象，不补充重要职位，因此内阁势力受到削弱。而司礼监因拥有批准奏折的权力，在这种特殊环境中地位显著提高。此时外戚势力的强化也出现了，而内宫出现了一些非典型的情况，比如郑贵妃作为实际上的主宰。
由于皇帝长时间不理朝政，加上廷臣间不断的攻讦与斗争，政府机构变得分散无效。言官们因为对当前政治状况不满，上疏抨击当局，从而提升自己的地位；同时，以“山人”群体闻名的地方士绅群体崛起，并最终有东林书院等文化中心兴起，其文人关注时事并参与政治讨论。
在数十年的斗争过程中言官通过集体行动维护正统继承原则稳定统治秩序，以及制衡皇权弘扬正气发挥着极其重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向悲剧，也成为了晚明三大案诱因之一，加速了该朝灭亡进程，是晚清最具影响的一段历史事件。
关于此议，有学者认为郑贵妃是一生付出青春和爱情却遭受唾骂的人物，即使史家也未必给予她公正评价。然而，就像对于郑贵妃有众多不同看法一样，在解读这个主题上也有许多研究者站在臣僚一边，这样的观点常常基于一种保守思想，没有给予足够理解和同情，让这段历史再次蒙上了难以识别的情感色彩。
