国本之争的深远影响：从明神宗的怠政到朝局混乱
国本之争对万历时期产生了极为深远的影响，首先是皇权事实上大幅度下降。明神宗长期不理朝政，以至于对内阁和地方官员缺乏干预，使得晚明正常运作面临巨大的挑战。而他又通过敛财的手段，大量派遣矿监和税监，这些措施严重侵害百姓利益，最终激起民变。
其次，国本之争也是造成明末党争重要原因之一。由于明神宗对于储位的模糊态度，导致官场中的人物开始猜忌，他人，不断揣摩政局，从而形成宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派之间的竞争与斗争。这一状态进一步加剧了晚明政治环境的混乱，使得政府行政效率大幅下降。
再次，由于希望独揽大权，同时放任缺官不补，内阁势力被削弱；同时，由于长时间居住在宫中，对朝政漠然置之，司礼监的地位随之提升；郑贵妃成为宠爱对象，一方面外戚力量增强，一方面出现了内监以郑贵妃为主导的情况。
皇帝失去管理国家能力，而廷臣之间不断地斗争与攻讦，加剧了政府机构分崩离析。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的声音也越来越高声，而地方上的仕途失去了单一价值标准，“山人”群体出现，并最终有了东林书院文人关注时政，最终成为了东林党的一部分。万历末年的民变，以及后金兴起，都反映出地方势力的崛起。
在这几十年的斗争中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统皇位继承原则、稳定统治秩序以及弘扬正气发挥着极其关键作用。“国本之爭”，决定了后来的万历朝命运，是晚明三大案的一个诱因，也加剧了一系列事件，对形成晚清时代有一定的推动作用，是历史上非常具有影响力的事件之一。
关于“国本之爭”，即使是曾经为此付出青春和感情的人们，如郑贵妃，也未能得到公正评价。在这个主题上，还有许多研究者站在臣僚这一边，其观点仍旧保持着这种立场。
似乎郑贵妃天生就该安分守己做任人宰割的妃嫔，而不是要做皇后的野心家；而万历皇帝天生就该和王恭妃恩爱，但却没有真正的情感。这类论断多半源自一种僵化保守且盲目跟风思想，没有公平性，无疑让原本清晰易见的事实变得模糊难以辨识。
