国本之争的深远影响，首先体现在皇权事实上的削弱。明神宗不理朝政，导致内阁和地方官员缺位，这极大地破坏了晚明的正常运作。他还通过敛财活动，如派遣矿监和税监，对百姓造成巨大苦难，从而激发民变。这次争议也是促成明末党争的一个重要因素。由于对储位的模糊态度，使得官员和地方势力产生猜忌，不断发生宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗，最终形成了东林党与阉党之间激烈斗争的情况。
此外，明神宗希望独揽大权，但却放任缺官不补，使得内阁力量受损；长时间居于深宫不理朝政，让司礼监获得更多权力。在这种情况下，外戚也因此获得实力提升，并出现内监以郑贵妃为主人的局面。此时言官因为对朝政不满，上疏抨击时政，他们的实力也随之增强。而地方上仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体开始出现，并最终有了东林书院，文人关注时政并被称为东林党。
在这场持续数十年的斗争中，言官作为一个重要力量，以集体行动维护正统继承原则，为稳定统治秩序制衡皇权并弘扬官方正气做出了重大贡献。“国本之争”，决定了万历后期至整个晚明时代走向，也成为加剧晚明政治混乱的一环，加速了明朝灭亡进程，是历史上影响极大的事件之一。
然而关于国本之争这一主题，还有许多历史研究者持有不同的观点，他们站在万历一朝臣僚立场上进行评价。这些观点似乎认为郑皇贵妃天生就应该安分守己，而不是追求更高的地位；同样地，万历皇帝应该与王恭妃恩爱相守，而不是真心爱情。这类论断往往出于僵化保守的人云亦云思想，没有公允性，无疑给已经错综复杂的历史增加了一层难以识别的污渍。
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