国本之争的深远影响：明朝历代政治变迁与社会动荡
明神宗的不理朝政导致了皇权事实上的下降。长期缺席政务，明神宗对内阁和地方官员缺位视而不见，这严重损害了晚明王朝的正常运作。他还大力敛财，派遣矿监和税监，对百姓造成极大的痛苦，激起民变。
国本之争加剧了党争，使得明末出现了一系列政治集团。由于储位模糊，官场人士开始猜忌，不断揣摩政局，因此形成宣、昆、齐、楚、浙五党和东林两大派在暗中斗争。这一局面促成了后来的三大案，为国家利益所牺牲，是晚明政府效率下降的重要原因。
明神宗希望掌握绝对权力，但同时放任缺职未补，以削弱内阁势力。他长年居深宫不理朝政，让司礼监获得“批红”的权力，使其地位上升；他对郑贵妃宠爱也使外戚实力增强，有时甚至有内监以郑贵妃为主的现象发生。
皇帝怠忽公务，而廷臣之间不断攻讦互相指责，加剧了政府机构涣散状态。在这种背景下言官因对时政不满，上疏抨击时政，其影响也随之扩大；地方上仕途失去唯一标准，“山人”群体产生，并最终发展出东林书院文人关注时事，最终被称为东林党。万历末年的民变乃至后金兴起，也反映出地方势力的崛起。
在数十年的斗争中，言官通过集体行动维护正统继承原则稳定统治秩序，并制衡皇权弘扬官僚正气发挥着关键作用。“国本之争”决定了万历以后明朝走向，是晚明三大案诱因之一，加剧了党争形成，并推动了清除旧制度加速灭亡过程，是晚明历史最具影响事件之一。
对于国本之争存在多种不同的历史解读，有些研究者认为郑贵妃是祸水，一生付出青春爱情却遭唾弃，即使史学家也不给予公正评价。但这些观点往往基于僵化保守思想，没有全面认识到历史复杂性，无疑是非分辨难度增加，更添了一层难以识别的沉浮年代锈迹。
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