国本之争深刻影响了万历时期的政治局势，首先是导致了皇权实际上的削弱。明神宗忽视朝政，长时间不理政事，使得内阁和地方官员缺席问题无法得到解决，这极大地破坏了晚明政权的正常运作。他还实施了一系列敛财措施，如派遣矿监和税监，对百姓造成巨大苦难，从而激发民变。这场混乱直接影响到后来的民变与后金崛起。
其次，国本之争加剧了晚明党派斗争。由于明神宗对储位的模糊态度，让官员们开始猜忌和揣摩，不断出现宣、昆、齐、楚、浙五党以及东林党等政治集团之间的激烈较量。这种状况不仅使得政府效率下降，还成为晚明三大案（李自成农民军起义、大顺政府建立及清朝统治）的导火索。
再者，尽管希望掌握全部权力，但在放任缺官现象的情况下，内阁失去实力；同时，由于神宗对郑贵妃宠爱过度，她的地位被推崇至外戚中，而内监也因此获得更多权限。在此背景下，以郑贵妃为中心形成了一股新的势力。
皇帝沉迷私生活而忽略国家事务，一些廷臣则利用这一机会进行攻讦，他们之间的斗争让整个政府机构变得松散。此时言官通过上书抨击时政，并且因为他们批评朝廷取得实力的提升；地方士绅也不再将仕途作为衡量个人价值唯一标准，而“山人”群体逐渐出现。随着文人的关注对于政治日益增强，最终形成了以东林书院为代表的一种思想倾向，被称为东林党。
在数十年的纷争中，言官以集体行动维护正统继承原则，加强中央集权，同时弘扬忠诚正气，在稳定社会秩序方面发挥关键作用。而“国本之争”决定了万历以后中国历史走向，为最终加速灭亡埋下伏笔，是晚明最具影响力的事件之一。
关于这个主题，有许多学者仍然站在万历一朝臣子立场上讨论，其中一些甚至对于悲剧性人物如郑皇贵妃持有偏见。这些观点往往基于传统观念，即女性应当遵循一定规则，不应介入或干预政治决策。而对于这类议题，我们应当更加开放和客观地思考，以避免历史研究中的盲目跟随与误解。
