国本之争的深远影响，首先体现在皇权的实际下降上。万历帝不理朝政，导致内阁、地方官员缺位，使得晚明政治运行遭受极大破坏，同时他大兴敛财之道，如派遣矿监、税监，对百姓造成巨大苦难，从而激发民变。这场争斗还促成了明末党争的一个重要原因，即储位模糊引发了官场和地方上的揣测与猜忌，形成了宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗。
此外，这场争议还削弱了内阁势力，因为万历帝希望独揽大权，却放任缺官不补；长时间居于深宫，不理朝政，加速了司礼监的地位提升，而外戚因对郑贵妃的宠爱，其实力也得到了增强。言官因对时政不满，上疏抨击朝廷，最终影响政府机构涣散。
在这一过程中，言官群体以维护正统继承原则为由，以抗衡皇权并弘扬正气，为稳定统治秩序发挥了关键作用。“国本之争”，决定了万历后期及整个晚明历史走向，是加剧党争形成和加速明朝灭亡的一个重要事件之一。至于关于郑贵妃，她虽然曾经是神宗的心头好，但最终被后人所唾弃，并且史学家们对于她的评价多持保守态度，有些观点甚至认为她天生就该安分守己，不应有做皇后的野心，这些看法显然失去了公允性。
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商朝政治制度与变革
