国本之争深刻地影响了万历时期的政治局势，其主要影响包括：首先，明神宗的不理朝政导致皇权事实上下降，内阁、地方官员缺位现象严重，破坏了晚明政局正常运转；其次，这场争议是明末党争激化的一个重要原因之一，造成宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗，为三大案的发生埋下伏笔；再次，由于神宗独揽大权并放任缺官不补，使得内阁力量被削弱，同时外戚势力因郑贵妃的地位而得到发展。随着皇帝怠政和廷臣党争加剧，政府机构涣散，加上言官对时政不满，上疏抨击时间长久，对朝中情况产生了重大影响。
此外，在这漫长的斗争过程中，言官群体以维护正统继承原则为名，以稳定秩序为由，以弘扬正气为己任，他们发挥了极其重要的作用。国本之争决定了万历后期至晚明灭亡的一系列走向，是最具影响力的事件之一。而关于这一历史事件，有些学者依然站在臣僚一边，对郑贵妃持有偏见，将她视作“祸水”，忽视她的悲剧性命运。这一观点显得过于僵化，不公允，再次蒙上了历史真相难以辨认的锈迹。
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商朝政治制度与变革
