国本之争的历史影响深远，首先导致了皇权事实上的削弱。万历帝不理朝政，以至于对内阁、地方官员缺乏任用，造成晚明正常运作的重大破坏，同时大兴敛财之道，派出矿监、税监对百姓造成巨大苦难，激起民变。这一争议也使得明末形成了党争的一个重要原因之一。万历帝对于储位模糊，使官场及地方人士猜忌不已，政局混乱出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派的明争暗斗。之后东林党与阉党斗争，最终成为明末三大案的诱因，这种局面导致政府行政效率下降。
再者，万历帝希望独揽大权，又放任缺官不补，使内阁势力受损；长期居深宫，不理朝政时期司礼监地位上升；外戚实力得到发展，有内监以郑贵妃为内主的情况出现。皇帝怠政昏晕时期廷臣之间不断攻讦政府机构涣散，此时言官因为对朝政不满，上疏抨击现行政策，其实力得到提高；地方仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体产生，并有东林书院文人关注时政最后称为东林党。在后金兴起之前的一系列民变中，即代表了地方势力的崛起。
在这漫长数十年的斗争过程中，言官以群体性行动维护正统继承原则稳定统治秩序，对抗皇权弘扬官方正气发挥极其重要作用。“国本之争”，决定了万历以后明朝走向，是晚明最具影响事件之一，也是加剧晚明政治纷扰，加速灭亡的一个重要因素。
国本之争引发的历史研究仍有众多观点分歧，一些学者站在臣僚立场，看待郑贵妃这一主题，但这种看法未必公允，因为它们基于僵化保守思想驱使，无疑失去了史料分析中的客观性和深度。
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商朝政治制度与变革
