朱棣的统治确立了明朝在各个领域的新高峰，但他的几项政策埋下了后来的种子。作为明朝开国皇帝，朱元璋深知宦官的危险性，因此他对宦官实行严格限制，包括规定宦官不得兼任文武职位、官阶不超过四品、不得参与政事等。但即便如此，他晚年的疏忽和过度重用太监，如马三宝，导致了宦官权力的重新抬头。
朱棣登基后违背了这套制度，将马三宝提拔为掌印太监，并派他出使西洋，这标志着明朝开始走上宦官乱政之路。随后的王振、曹吉祥、汪直、刘瑾以及魏忠贤等人，都扰乱了朝纲，使得大明王朝走向衰败。
朱棣还亲自守卫京城，与蒙古势力作战，并最终迁都北京，从而形成了一定的边防策略。此举初看成功，但实际上却带来了新的问题：北京经济破坏严重，人口激增，又需通过长途运输供给京城，这耗费巨大的人力物资。而且北京地处边境，不安全，一旦遭受攻击风险极高。然而，由于天子守国门成为了传统，此后每当京师被围时，无论多么危急，都难以考虑迁都。
最后，朱棣进一步扩大了藩王待遇，使其享有800石粮米年领，每人无论男女皆可领取。这一政策虽然在“靖难”中帮助朱棣巩固江山，却也埋下了财政崩溃的隐患，因为宗室人口迅速增长，而这些藩王则成了囚徒，只能消耗大量资源。在崇祯时期，大量流民涌动，最终导致大明覆灭。
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