他的生平充满了对国家大事的坚定追求和对权力腐败的坚决斗争。他曾是万历三十五年的进士,被授予中书舍人的职位。在明光宗即位后,他被提拔为吏科给事中,不久便上疏陈述刚开始执政时应注意的三项要务,并请求留下各地上供的金花银,用来帮助军队建设。
在天启元年,他又被提升为礼科左给事中,这时辽阳战事危急。周朝瑞请求在内阁大臣中推选二个通晓军事的人专门负责这事,而用职方郎一人专门管理机要事情,给事中二人专门负责来往的公文。然而,当他力主复讲、揭露阉党的时候,他遭到了徐大化等人的激烈攻击,最终被陷害入狱并毙于狱中。
崇祯初年,他被赠予大理寺卿,并谥号“忠毅”。周朝瑞与同样因反对阉党而遇害的杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、顾大章一道,被尊称为“东林六君子”,他们共同奋斗,为清除权力的腐败而不懈努力,是中国历史上的杰出人物。