国本之争深刻影响了万历时期的政治局势，首先是导致了皇权实际上大幅下降。明神宗长时间不理朝政，让内阁和地方官员缺乏稳定的人事安排，这极大地破坏了晚明时期的正常运作，同时他还推行了一系列敛财政策，如派遣矿监和税监，以此为害百姓，激起民变。这一切都严重削弱了中央集权。
其次，国本之争是造成明末出现党争的一个重要因素之一。由于明神宗对储位的模糊态度，使得官员们开始猜测、揣摩政局，结果形成了五个主要派别——宣、大、昆、齐、楚，以及东林党与阉党之间的斗争。这场斗争为了个人利益而牺牲国家大义，使得政府行政效率急剧下降，并成为后来三大案件发生的一种背景。
再者，由于希望掌握绝对权力，而又放任缺官不补，大臣力量被削弱；同时，由于长时间居住在深宫中，不理朝政，司礼监的地位自然提高；外戚实力也得到提升，因为皇帝对郑贵妃过分宠爱。此时出现内监以郑贵妃为内主的情况。
当皇帝失去政治责任感并沉迷私欲时，上层廷臣之间不断发生攻击和诽谤，他们利用这种情况抬高自己的地位。而言官因为反对朝政而积极上疏抨击，对抗着当下的乱象。在地方上，当仕途不再是衡量人生价值唯一标准，“山人”群体产生，这些文人的关注逐渐转向政治，最终有“东林书院”的建立，与此相伴的是东林党的崛起。到了万历末年，更是民变四起，一直到后金兴起，也代表了地方势力的崛起。
在这漫长且艰苦的斗争过程中，言官作为一个强大的力量，以群体行动维护正统继承原则，为稳定统治秩序及弘扬官僚精神做出了巨大的贡献。国本之争决定了万历以后明朝走向何方，是晚明最具影响力的事件之一，也加速了后来的灭亡进程。
然而，即便如此，在国本之争这一主题下，有众多学者仍然持有不同的观点，将其视为一段悲剧性故事，而对于郑贵妃这个人物，其评价至今依旧充满矛盾。她既被批评成祸水，又未能获得公正评价，这种论断往往基于一种固化、保守以及跟随流行思潮的心态，没有给予足够尊重历史复杂性的考虑，无疑是不公平且忽略历史真实面的表现。
