在中国历史上，明朝是由朱元璋建立的一个王朝，创立于1368年。明太祖洪武初年建立了一种军事机构，都司卫所，其名称经过多次更改，最终定名为都指挥使司和行都指挥使司。在全国共有十六个都司、五个行都司以及两个留守司，这些机构分散在十三个布政使司（即行省）中。每一个布政使司下设一处都司，其军事长官称为都指挥使，与布政使同驻一城。
山东、浙江、江西、福建等地的都会 司分别治理济南府、杭州府、南昌府和福州府；湖广和山西的都会 司则分别治理武昌府和太原府；陕西和四川的都会 司则分别治理西安府和成都是；广东会 司治广州府，而广西会 司则治桂林府。河南会 司负责开封府管理，而云南会 司则管辖云南省份。而大宁会 所曾先后设置于大宁卫（今辽宁宁城西），永乐元年移至保定府，并辖境相当于今天河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南地区。大宁会 所之后迁往保定，导致其所辖之地成为无实土。
此外，还有奴儿干会 所，以特林（今俄罗斯远东州）为中心，辖境包括黑龙江至库页岛地区，以及陕西行 都士兵总管甘州（今甘肃张掖），山西省界的大同县，以及福建省下的建宁县，是边疆海岸区域性的行政机构，不设在省内城市中，以辅助本省政府管理部分地方防御力量。
洪武十四年(1381年)，朱元璋还在凤阳设立了留守寺，对皇陵进行专门保护。此外，在嘉靖十八年的湖广承天知照下，又成立了兴 都留守寺，对显陵进行保护工作。
明代的地方最高军事机关是所有的地面部队，它们直接隶属于京师五军宣抚院。在这时期，每一个郡或县下设有一定的数量的千户所，大约每千户所统领十个百户所，每百户领主两小旗，一小旗又分为五人组成的小队伍。这是一个严格层级化结构，其中最低单位是百户，然后是千户，再到指挥，使掌握最高权力。
《明史》记载，从洪武二十六年的三百二十九个内外卫到末年的四百九十三个卫及二千五百九十三个千·百·小旗，这整个体系逐渐扩展并加强。但到了清朝时期，由于各方面原因，如边防制度不健全，加上地方官员私自征用士兵作为佃农，最终导致这个系统失去了战斗力，只剩下纸面上的组织而已。
