国本之争的深远影响，首先体现在皇权事实上的下降。万历帝不理朝政，以至于对内阁、地方官员缺乏有效管理，这极大地破坏了晚明政局，并且通过敛财政策，如派遣矿监和税监，对百姓造成巨大的伤害，激起民变。其次，国本之争是导致明末党争激化的一个重要原因之一。万历帝对于储位的模糊态度，使得官场和地方出现了猜忌与揣摩，形成了宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派之间的明争暗斗，这些势力为了个人私利，不惜牺牲国家大义，最终导致政府行政效率下降。
再者，万历帝希望独揽大权，但又放任缺官现象不解决，从而削弱了内阁的力量；长时间居住在深宫中，不理朝政的情况下，司礼监的地位自然提升；同时，由于对郑贵妃宠爱过度，她家族的地位也得到了加强。此时外戚势力得以发展，而内监也出现以郑贵妃为主导的情况。
皇帝怠政昏庸，同时廷臣间的攻讦与言官上疏抨击时政，让言官这一力量得到增强；此外，“山人”群体开始崛起，他们关注时事并参与政治活动，最终演变成东林书院，其成员被称作东林党。后来的民变以及后金兴起，更代表着地方势力的崛起。在这数十年的斗争中，言官以群体行动维护正统继承原则、稳定秩序及制衡皇权等方面发挥了关键作用。
“国本之争”，决定了万历以后明朝走向，并成为晚明三大案诱因，在一定程度上加剧了党争，并可能加速了明朝灭亡，是晚明最具影响事件之一。在这个历史议题上，有许多研究者站在臣僚一边，他们对郑贵妃持有负面评价，即使史学家如此，也未能给予她公正评价。这类观点往往基于僵化保守的人云亦云思想，没有给予足够尊重历史人物真实情感和经历，从而误解了一段悲剧性的历史章节。
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