王小波曾评价《万历十五年》为“不新的”，这本书确实以1587年为背景，探讨了中国历史的一个重要时期。这个年份既有决定性的事件，也可能看似平淡无奇，但它是明朝发展的关键阶段。
传统上，对明史的描述往往强调“税重民穷”，但黄仁宇认为，国家赋税过重并非导致民贫的根本原因，而在于法律和政府效能的问题。中国两千年的历史中，以道德代替法制的情况到了明代达到极点，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的是为了说明这一观点。
在万历年间，有许多重臣如张居正、戚继光、申时行、海瑞等，他们都以悲剧收场。即使是万历帝，在这种文官集团体制下，只能采取无为而治的策略。这一体制带来的惯性悲哀可以从他们每个人的故事中看出，每个人都有其独特之处，却最终因改革失败而遭遇革职或入狱的命运。大部分文官为了维护集团利益，使得国家武备、科技进步以及商业发展陷入停滞。文官与宦官之间权力斗争更是加速了大明王朝走向衰败。
尽管《万历十五年》表面上的内容可能显得平淡，但实际上，这一年里发生的一些事件，是之前大事产生症结也是未来会掀起波澜的机缘。在这些事件之间因果关系，就是历史要关注的地方。这本书通过对几个关键人物的描绘，看到了这个没落王朝悲剧命运，以及历史如何让这些帝王将相所泯灭。
黄仁宇在书中批评了依赖意识形态作为统治手段，他认为这是明朝特征之一，即意识形态充斥了帝国各个方面，无论强度还是广度，都达到了空前未有的水平。而且，从这一刻开始，中国与西方之间差距越来越大，西方帝国崛起，而东方帝国则开始衰落。
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