国本之争的深远影响：从明神宗到晚明政局的演变
国本之争对万历时期产生了广泛且持久的影响，首先是皇权事实上发生了显著下降。明神宗长时间不理朝政，以至于在他死后，对内阁和地方官员缺乏补充，这极大地破坏了晚明社会的正常运作。此外，他还大力发展敛财手段，如派遣矿监和税监，这些措施对百姓造成极大的压迫，激发了民众起义。
其次，国本之争也是导致明末出现严重党争的一个重要原因。由于明神宗对于储位问题的模糊态度，使得官场和地方上的势力人物开始猜忌和揣摩，导致政治局势混乱，不断出现不同的派系，如宣、昆、齐、楚、浙五党以及东林党两大派之间的公开斗争。这一状况进一步加剧了政府行政效率的下降，并成为了一系列重大案件爆发的催化剂。
再者，由于希望掌握绝对权力，同时又放任缺职不补，使得内阁的地位受到削弱；同时，由于长时间居住在深宫中，不理朝政的问题，司礼监因拥有批准文件（“批红”的权利）而变得更加强大；此外，由于郑贵妃获得帝心宠爱，她家族的地位也得到提升甚至有内部管理机构形成，以她为中心。
皇帝怠慢朝政，而廷臣之间不断进行攻讦与斗争，加上政府机构松散，因此言官们因为对当前时局不满，上书反驳朝政，其力量也相应增强；当时的地方士绅也不再以仕途作为衡量人生价值唯一标准，从而出现“山人”群体，然后文人关注政治，最终形成东林书院，他们关注政治并被称为东林党。而到了万历末年民变频起乃至后金崛起，也体现出地方势力的崛起。
在这场持续数十年的斗争过程中，言官通过集体行动维护正统继承原则、稳定国家秩序，以及制衡皇权及弘扬官方正气等方面发挥出了非常关键作用。在一定程度上，“国本之争”决定了万历之后中国历史走向，是晚清最具影响力的事件之一，并且促使三大案件爆发，加速了整个帝国衰落进程。
