明朝国本之争的复杂历程，围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵（郑贵妃所生）的太子之位展开。朝中大臣坚持遵循明朝设立长子为太子的传统，主张拥戴朱常洛。但明神宗偏爱郑贵妃，并有意立其子朱常洵为太子，这一决定遭到了慈圣皇太后和大臣们的强烈反对。国本之争因而持续了十几年，最终以仁宗的妥协而告一段落。
在这场争论中，有流言指出明神宗与郑贵妃曾在大高玄殿祷神盟誓，相约立朱常洵为太子，并将此事密封玉匣，由郑贵妃保管。这不仅违背了祖制和礼制，也引发了一系列危机。朝中的大臣受此影响，不断上疏建议册立皇长子朱常洛，以破除流言，他们提及皇储问题，奏折累积成百上千，每一篇都批评后宫干政，将矛头指向郑皇贵妃。
万历十四年（1586年），首辅申时行就列举英宗、孝宗被立为太子的例证，上疏要求册立皇长子，但明神宗推托称皇长子的年龄尚小。在这一期间，大臣们怀疑万历要废长登幼，他们不愿被记入史册，让后世认为无忠君爱国者。大臣们纷纷请奏东宫，但姜应麟等人的激烈措辞让明神宗愤怒，将他们降职或处罚。
自从冊封貴妃後，群臣几乎全体反對，此後萬曆帝怠政，对临朝听政感到厭恶。当时慈聖太后已無法再參與政治事務，而張居正去世、冯保贬官，被稱為“和事佬”的首輔申時行抱著希望萬曆帝會醒悟的一種幻想，对於宮廷事務仍然迁就。而這樣的態度使得萬曆帝逐漸沉迷於六宮佳麗間。
後來，大臣們繼續要求冊立長孫為東宮，並於萬曆十八年集體請求，在二十年春舉行。此時先是推至十五歲，又改為二十歲春才舉行。工部張有德提議動工準備，但被拒絕。此事件曝光後，申時行名譽扫地，被迫辭職返家。
隨著這些事件的大量傳播，加上每當早晨出巡皆以頭眩為由不早起，更激發了公卿們對內廷私生活的關注。在這場爭論中，一些公卿甚至因此身亡。而最终，在三王并封之后，即便如此，這場國本之爭仍未能達到最終解決，而是在仁宗继位后的妥协下才宣告结束。
