王小波曾评价《万历十五年》为“不新的”，但1587年确实是中国封建王朝发展的重要时期。黄仁宇认为，明代民穷原因不在于税重，而在于法律与政府低能。书中探讨了张居正、戚继光、申时行、海瑞等重臣悲剧收场，以及他们试图改革却失败的情况。这体现了强大体制惯性的悲哀。
文官集团的统治导致国家武备、科技革新和商业发展停滞。文官与宦官夺权使得大明朝走向衰败。在历史上，万历十五年虽平淡无奇，却藏有决定性事件，这些事件虽然看似末段小节，但实际上是前事之症结，也是后来波澜壮阔事件的机缘。
《万历十五年》通过描述几个关键人物，展现了这个没落王朝的悲剧命运，最终这些帝王将相都被历史淘汰。黄仁宇批评道德无法替代技术，更不能替代法律，他认为明朝特征之一就是依赖意识形态作为统治手段，并充斥帝国各个方面。
从万历十五年开始，中国与西方之间差距越来越大，西方帝国崛起，而东方帝国则沉沦。这一时期标志着两种文化和政治体系分道扬镳的转折点，是现代世界格局形成的一个重要环节。
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