在明朝的开国之初，洪武帝朱元璋创立了一种重要的军事机构——都司卫所。这些机构最初名为都司和行都卫，在1375年的洪武八年被更改为都指挥使司（简称都司）和行都指挥使司（简称行都司），到宣德年间，这些名称逐渐固定下来。
明朝总共设有十六个大型的军事区域，即“十六都司”，以及五个较小规模的军事区域，即“五行都司”。除了这二十一个主要的地区外，还有两个特别的小型机构——留守 司，它们负责保护皇家陵墓。在全国十三个布政使区内，都有一处这样的组织驻扎，其长官与当地最高行政长官同住一城。
山东、浙江、江西、福建等地的大型地区就分别由济南府、杭州府、南昌府、福州府作为它们所在地。而湖广、大宁等地方则分别设有武昌府、大宁卫和保定府作为它们的地理中心。此外，辽东也设有辽阳中的定辽中卫，而万全则位于宣化左卫附近。奴儿干部队则在特林这个地点活动，并控制黑龙江至库页岛之间的一片区域。
行都会务于边境海岸线附近设置，以辅助本省所有人，并管理一些特殊的地方防御力量。比如，陕西就设立了甘州衛；山西则是大同市；而四川和湖广各自也有其对应的地方。这些建筑物并不是在省会城市内部建立，而是在边境或者海岸线上帮助维护安全。
到了1381年，朱元璋还在安徽凤阳设置了中土留守，使得凤阳及周围八个防御工事直接向中央统治层汇报。这两百多年的时间里，这些机构扮演着极其重要的角色，不仅是国家防御力量，也参与了国内叛乱镇压工作。在此期间，他们通常会根据需要调动将领带兵出征，但一旦战争结束，他们就会返回原来的岗位继续服务。
平时，由于国家提供耕牛进行屯田生产，同时进行军训，这些士兵并不直接与地方政府打交道。但随着时间推移，因为边疆地区屯田制度日益衰退，与当地居民融合越来越深入，他们不得不开始负责民政问题。此外，在没有正式县级行政单位的地方，大部分都是由这些军事组织掌管同时既处理警备任务又管理民生问题。
这种结合农耕与警备功能且拥有大量土地但缺乏足够财力保障给养的问题导致他们必须承担更多非战斗任务，最终影响到原本完美无缺的系统结构。到明末期，一场混乱局面下，当权者不断使用这些士兵做私人的佃农，从而破坏了整个体系，使得原本强大的保卫系统变得虚弱无力抵抗外敌侵犯。
